Nesta edição, 65 equipes disputam o título, com a competição estruturada em sete fases no formato mata-mata. Em caso de empate no tempo regulamentar, a vaga será decidida nos pênaltis.
Antes da primeira fase, haverá uma fase preliminar, com o confronto entre Juventude-SE e Paraíso-TO. O vencedor garantirá vaga na fase seguinte.
A primeira fase reúne os clubes da Série A3 do Campeonato Brasileiro Feminino, que buscarão a classificação para enfrentar os times da Série A2 na segunda fase. Já os clubes da elite do futebol nacional — como Corinthians, Cruzeiro e Flamengo — entram apenas na terceira fase.
Nesta segunda fase, além dos classificados da etapa inicial, haverá a estreia de equipes mato-grossenses: Mixto e o Ação aguardam seus adversários para dar início à caminhada na competição. Já o Operário LTDA, estreia diante do Prosperidade.
Confrontos da 1ª fase da Copa do Brasil Feminina 2025:
Ipojuca x Atlético-BA
Toledo x Brasil de Farroupilha
Pinda x São Raimundo-RR
Realidade Jovem x Recanto
Ceará x Rolim de Moura
Tuna Luso x Cresspom
Operário-MT x Prosperidade
Mixto-PB x Operário-MS
Vila Nova x Atlético-PI
Doce Mel x IAPE
Tarumã x Vencedor da fase preliminar (Juventude-SE ou Paraíso-TO)
Criciúma x Pérolas Negras
Ypiranga-AP x Galvez
UDA-AL x Coritiba
Manaus x Guarani de Paripueira
Itabirito x União-RN
 já realizou o sorteio dos confrontos da primeira fase da Copa do Brasil Feminina 2025.){kind=link}